Et vandkildevarmepumpesystem adskiller sig fra et jordvarmepumpesystem ved, at det er et åbent kredsløb, der bruger vand fra en brønd til at opvarme eller afkøle dit hjem. Om sommeren vil den dræne din boligs varme ud i vandet, og om vinteren vil den overføre varmen fra vandet til din bolig.
I de seneste par år var åbne vandvarmepumpesystemsløjfer almindelige, men efter en periodes drift dominerer den lukkede jordvarmepumpesystemsløjfe nu. Dette skyldes dels væsentlige forbedringer i teknologien i jordvarmepumpesystemet, dels på grund af de miljømæssige og geologiske problemer forbundet med overdreven brug af vandvarmepumper i nogle områder. Indtil nu er vandvarmepumpesystemet stadig et godt valg, hvis du består VVM og får vandtilladelsen.
Med tiden skal varmeveksleren i vandvarmepumpesystemet renses, men det vil øge omkostningerne ved senere brug. Hyppigheden af påkrævet rengøring vil afgøre, om sådanne brønde er tilgængelige. I de fleste tilfælde er det bedst at bruge en lukket vandvarmepumpesløjfe for at mindske besværet med at rense kildevarmepumpesløjfen.
Boringens pumpeomkostninger påvirker også tilgængeligheden af vandkildevarmepumpesystemet. Hovedomkostningerne ved at pumpe brøndvand er, at brøndvandet løftes til hovedmaskinrummet under påvirkning af vandpumpen. På dette tidspunkt er der et krav til pumpens effekt. Hvis brøndvandet er dybt og afstanden er lang, er pumpeeffekten større; ellers, jo mindre flow. Ud over pumpekraft er der en, der koster pumpen. En stabil og effektiv pumpe vil også koste meget.