Hårdt vand indeholder høje koncentrationer af calcium, magnesium og andre mineralsalte, der ved opvarmning og fordampning kan danne kalkaflejringer på overfladerne af den vandkølede kondensators varmevekslere. Over tid fungerer denne skala som en isolerende barriere mellem kølevandet og kondensatorens metaloverflader, hvilket forringer varmevekslingseffektiviteten. Efterhånden som skalaen bliver tykkere, kræver det mere energi at opnå den samme køleeffekt, hvilket fører til reduceret systemeffektivitet, højere driftsomkostninger og øget slid på systemet. Belægningsopbygning kan også føre til reduceret flowkapacitet i kondensatoren, hvilket resulterer i højere tryk og temperaturer. For at bekæmpe disse virkninger anvender mange vandkølede kondensatorer vandblødgøringsmidler, der fjerner calcium- og magnesiumioner, eller anvender anti-afkalkningskemikalier til at hæmme dannelsen af ​​kalk.

Vandkvalitet med ekstreme pH-niveauer (enten for surt eller for basisk) kan føre til korrosion af metalkomponenter i vandkølet kondensator . Vand med lav pH (surt) kan forårsage oxidation af metaloverflader, hvilket fører til rust og svækkelse af kondensatorens strukturelle integritet, mens vand med høj pH (alkalisk) kan forårsage alkalisk korrosion, som nedbryder metaloverflader. Tilstedeværelsen af ​​klorider, der ofte findes i havvand eller industrielt kølevand, kan fremskynde grubetæring, hvilket fører til lokal skade. For at forhindre korrosion bør vandet behandles for at opretholde et optimalt pH-område, typisk mellem 7 og 8,5, hvilket er ideelt til at forhindre både sur og basisk korrosion. Korrosionsinhibitorer, såsom fosfater, zinkforbindelser eller silikater, bruges almindeligvis i forbindelse med regelmæssig vandtestning for at sikre, at vandkvaliteten er inden for acceptable grænser.

Vandkilder, der indeholder sedimenter, snavs eller andre partikler kan føre til tilstopning og blokeringer i den vandkølede kondensators rør- og varmevekslersystemer. Disse faste partikler kan hindre strømmen af ​​vand, hvilket reducerer dets evne til at transportere varme væk fra kondensatoren. Det reducerede flow øger trykket inde i kondensatoren og mindsker dens samlede køleeffektivitet. Over tid kan sedimentakkumulering føre til slid på interne komponenter, hvilket yderligere øger vedligeholdelsesbehovet og risikoen for fejl. For at afbøde disse problemer installeres filtreringssystemer eller si typisk ved vandindløbspunkterne for at fange store partikler, før de kommer ind i kondensatoren. Disse systemer er designet til at fjerne sand, slam og andre suspenderede stoffer, der kan beskadige de interne komponenter eller reducere ydeevnen.

Biobegroning opstår, når mikroorganismer, såsom bakterier, alger og svampe, samler sig på kondensatorens varmeveksleroverflader. Når de ikke kontrolleres, kan disse mikroorganismer danne en biofilm, der fungerer som et isolerende lag, der væsentligt forringer varmeoverførslen. Biofilmen fremmer også korrosion og tilstopning, hvilket yderligere reducerer systemets effektivitet. Biobegroning er mere almindelig i systemer, der bruger overfladevand (floder, søer eller havvand), som har højere niveauer af organisk materiale. Algevækst er særligt problematisk, fordi det kan blokere vandgennemstrømningen og føre til øget strømforbrug, da systemet kompenserer for reduceret varmeoverførselseffektivitet. For at bekæmpe biobegroning inkluderer vandbehandlingssystemer ofte kemiske biocider (såsom klor, brom eller kobberbaserede forbindelser), der dræber mikroorganismer, før de kan etablere en biofilm. Ultraviolet (UV) lysbehandling er en anden miljøvenlig mulighed for at forhindre mikrobiel vækst.